沿革
明末清初,鄭氏軍民自廈門起兵攻台,原廈門及諸多信仰與鄉土神明亦隨軍來台。原本廈門、泉州、漳州一帶即是清水祖師信仰中心，陳氏先祖亦將祖師神像奉請來台。
廈門、漳州一帶陳姓先民自古即以唐代名將陳元光，世稱開漳聖王或陳聖王，宋代名僧昭應大師，世稱清水祖師為守護神。在播遷過程中，陳氏先民將開漳聖王與清水大祖師、二祖師、三祖師神像同轎同船來到平埔族第一大社蔴荳社蚊港厝定居(現今麻豆區大埕里)。隨船而來的神轎暫放置大埕里ㄤ祖廟(今三元宮)，日久已損壞。當時一起與祖師公同來的陳聖王亦即今日大埕里聖王宮陳聖王。
當時蔴荳社北勢寮過港仔區域屬於外圍蠻荒之地，並無開發及人煙。惟台江倒風內港行船到麻豆古港時會經過名為過港仔的沙洲小島(今名為貝塚遺跡)，但過去曾為平埔部落。麻豆古港也就是今龍喉掘。後有陳氏族人於蔴荳社觸犯刑罰，為躲避刑罰追緝就請走大祖師、二祖師、三祖師等神像到過港仔一帶隱居，過著農耕及養豬的生活，遂成聚落。因此，過港仔為陳姓為主的聚落。祖師並常言渡台三百年以及在麻豆刈香繞境時特別遠迎蚊港厝陳聖王隊伍。兩廟間的歷史淵源及信眾間的血脈相連,自然在日後能再次建立情誼及互訪,追溯本源.
建廟
最初，清水祖師的三尊神像安居過港並同時另塑石膏材質池府千歲輪祀於民宅之中。每年大年初六祖師公聖誕千秋之日用博杯方式選出當年值年爐主，及代表當年祖師及王爺要到值年爐主家中作客一年。其他居民在祭祀時則備妥供品到爐主家門前進行賞兵犒將。另外為能有效推動各項常態性事務也成立轎班會及推選轎班會會爐爐主。在過去醫藥不發達的時代，祖師公的藥方及為人致病之靈驗是耆老口中的傳奇。三位祖師各有其職大祖師主事，二祖師上天庭，三祖師則下地府，其中不乏許多起始回生的故事，至今仍讓人廣為流傳。
據耆老口述，於民國73年本廟祖師公應邀參加鹿耳門天后宮馬祖宮啟建自唐太宗以來民間第一次的羅天大醮，為期四十九天。建醮期間聖母感念祖師是三界外古佛，應該要有一安身之所，並決定要助祖師建廟。在建醮圓滿回駕後，祖師指示將其本爐置於面前神榕之下，不再進民宅內，隨後指示搭建草庵以供日後奉祀金身，降旨名為玉清府。信徒隨即著手購地建廟事宜。
對於只有數十戶人家的村落要蓋一間大廟豈是容易的事。祖師屢屢鼓勵信眾們不必擔籌措建廟經費之事，要對祖師有信心。終究在祖師神力及信徒的努力奔走下先購得完整廟地，得以有地基可以蓋廟。
祖師靈驗，指示在民國七十八年農曆正月初六，於現今廟地上進行大規模且空前盛大的過火儀式。有別於現今的過火，當時過的是神明專屬的生火而非人丁過的木炭火。也就是這份人神互信互依的情感，順利的完成了這次的過火儀式，無比的增強了信眾信念。隔年破土建廟，在庄內信徒、出外子弟、十方大眾齊心合力、出錢出力下，終於民國83年入火安座，謝土大吉。並增刻鎮殿西天佛祖配祀福德正神、註生娘娘金身安奉。
民國一百零一年，老池王風化嚴重、黑虎大將軍神像不復存在。祖師指示重刻池王金身及黑虎將軍金身，遂完成了本廟目前神祇陣容。
文化
數千年前,過港仔地區為一大湖中的浮洲也屬於台江內海的範圍,過港仔地區並屬於西寮文化.大湖文化及蔦松文化的覆蓋區,過去舊地名有”七合成溪”之稱,是七條河流的匯集之處,經考古證實在至少兩千四百年前即有人類居住的歷史,並在過港仔田間出土大量的黑陶及貝殼,在國立科學博物館探查人員的發掘中,曾出土一具兩千多年的女性抱甕遺骸,並命名為’麻豆阿媽’,足以證實過港地區與蔴荳社平埔族的發展歷史有密不可分的意義.
